南通大學理學院由原南通醫(yī)學院，南通工學院，南通師范學院三所高校的數(shù)學系、物理系、應用數(shù)學系、基礎部合并組建而成，是2004年南通大學組建后首批設置的學院之一。現(xiàn)有數(shù)學、物理學一級學科碩士點，是南通大學重點學科。現(xiàn)有6個本科專業(yè)：數(shù)學與應用數(shù)學（師范）、應用統(tǒng)計學、信息與計算科學、物理學（師范）、應用物理學、光電信息科學與工程，其中，物理類專業(yè)為江蘇省重點專業(yè)類。目前，在院本科生近1300人，碩士研究生近60人，與香港浸會大學合作聯(lián)合培養(yǎng)本碩連讀研究生。
　　學院設有分析與動力系統(tǒng)研究所、應用統(tǒng)計與大數(shù)據(jù)研究所、計算數(shù)學與力學研究所、光電工程材料及光譜檢測技術(shù)研究所、產(chǎn)業(yè)化前瞻性技術(shù)研發(fā)中心，設有大學物理實驗中心（省級實驗示范中心）、數(shù)學建模中心實驗室等實踐教學機構(gòu)。
　　學院師資力量雄厚，現(xiàn)有教職工145人，其中專任教師117人，碩士生導師 55人。學院有教授21人，副教授55人，高級實驗師8人，具有博士，碩士學位的教職工的比例為92%。先后涌現(xiàn)了全國“五一”勞動獎章獲得者、享受國務院特殊津貼專家、江蘇省“333”工程第二、第三層次人選、江蘇省“青藍工程”學術(shù)帶頭人、優(yōu)秀骨干教師、江蘇省“六大人才高峰”高層次人才、南通市跨世紀學術(shù)帶頭人、南通市“ 226” 工程中青年科學技術(shù)帶頭人、南通市優(yōu)秀科技工作者、南通市教學名師等一大批優(yōu)秀人才。李大潛、楊樂等10多位國內(nèi)外著名院士、專家被聘為學院兼職教授。
　　學院教學、科研成果豐碩。在近幾屆的全國及省市的“挑戰(zhàn)杯”、大學生數(shù)學建模競賽、師范生教學基本功大賽、大學生物理競賽、大學生物理創(chuàng)新競賽、高等數(shù)學競賽中多次獲得國際、全國和江蘇省一等獎。在代數(shù)與組合、偏微分方程、運籌與控制、分析理論及其應用、理論物理、光學、凝聚態(tài)物理、原子與分子物理等方向的科學研究方面取得了豐碩成果。近5年，教師以第一作者（或通訊作者）共發(fā)表SCI和EI論文200余篇，獲國家自然科學基金項目和社會科學基金立項資助20余項，獲得國家重大項目子項目立項資助1項，省部級項目近10項，獲得多項省市科研進步獎。
近5年學院培養(yǎng)碩士研究生近100名，本科生近1300名。其中獲省優(yōu)秀研究生學位論文3篇，獲省研究生創(chuàng)新計劃項目4項，獲省優(yōu)秀學生干部、省三好生10多名，獲校優(yōu)秀畢業(yè)生近100名。畢業(yè)生專業(yè)基礎扎實，知識面廣，動手能力強，深受用人單位的歡迎，近幾年來畢業(yè)生就業(yè)率平均都在98%以上，2017年被評為南通大學研究生就業(yè)工作先進集體，2018考研錄取率達24%，創(chuàng)歷史新高。
學院黨建工作先后獲得南通大學先進基層黨組織、黨日活動優(yōu)秀組織獎等多項獎勵，2017年榮獲南通高校學生思想政治教育工作先進集體。