自動化系是我校較早設(shè)立的系所之一。自1977年恢復(fù)高考后，就開始工業(yè)自動化專業(yè)的本科招生，1989年又獨立設(shè)置微電腦專業(yè)，1999年按照新的本科專業(yè)目錄，合并為自動化專業(yè)并開始招生至今。本系現(xiàn)有教師 18人，其中教授2人，副教授6人，博士10人，博士生導(dǎo)師1人，碩士生導(dǎo)師6人，浙江省中青年學(xué)科帶頭人1人，已初步形成梯隊結(jié)構(gòu)較為合理，具有良好學(xué)術(shù)氛圍和合作精神的教學(xué)科研團隊。擁有“自動化”浙江省重點專業(yè)1個，“控制理論與控制工程”浙江省重點建設(shè)學(xué)科1個，控制科學(xué)與工程一級碩士點1個，可以在控制理論與控制工程、檢測技術(shù)與自動化裝置、模式識別與智能系統(tǒng)、系統(tǒng)工程4個方向招收碩士研究生。建成了功能設(shè)施完善，儀器設(shè)備先進，實驗環(huán)境優(yōu)良的教學(xué)科研實驗室。所依托的控制科學(xué)與儀器技術(shù)實驗教學(xué)中心為省級實驗教學(xué)示范中心，設(shè)有檢測技術(shù)、電氣與控制理論、過程控制、網(wǎng)絡(luò)化控制等6個教學(xué)實驗室和自動控制仿真、綜合自動化與智能信息集成2個科研實驗室，為教學(xué)、科研提供了良好的硬件平臺。重視教育教學(xué)改革，近年來先后建成《自動控制原理》、《電力電子技術(shù)》省級精品課程2門，承擔(dān)省新世紀(jì)教改課題、省教育規(guī)劃課題等省級、校級教改課26項，獲國家級教學(xué)成果二等獎1項（合作），浙江省教學(xué)成果一等獎2項，發(fā)表教改論文30余篇。積極開展國際交流與合作，先后與加拿大Alberta、新加坡國立、澳大利亞Newcastle 等大學(xué)和研究機構(gòu)建立了雙邊合作關(guān)系。
重視科學(xué)研究與學(xué)術(shù)水平的提高。先后承擔(dān)和完成國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃（863計劃）1項、國家自然科學(xué)基金7項、教育部博士點專項基金1項、浙江省自然科學(xué)基金12項、其它省部級及橫向課題26項；獲省級科學(xué)技術(shù)獎二等獎1項、三等獎2項，取得發(fā)明專利2項；累計在《IEEE Trans. On Control Systems Technology》、《Nonlinear Analysis-Theory, Method and Applications》《自動化學(xué)報》、《儀器儀表學(xué)報》、《化工學(xué)報》、《系統(tǒng)工程理論與實踐》、《控制理論與應(yīng)用》等國內(nèi)外重要學(xué)術(shù)刊物發(fā)表科研論文151篇，其中SCI、EI收錄86篇。