信息工程學院的創(chuàng)建始于1978年，在交通部的支持下, 上海海運學院成立電子計算機計算技術專業(yè)籌建小組，于1979年正式成立電子計算機計算技術專業(yè)并招收第一屆本科學生；1985年成立計算機科學系，并招收第一屆計算機應用碩士研究生；1990年計算機及應用專業(yè)獲得計算機應用工學碩士學位授予權，成為當時交通部部屬高校中唯一的計算機專業(yè)碩士點，也是上海地區(qū)較早擁有計算機應用碩士點的高校之一；1997年學校將計算機科學系、電子工程系、電氣工程系和機械工程系合并成立工學院；2003年，電子系和計算機系從工學院中分出，成立信息工程學院。
現(xiàn)有計算機科學與技術、信息管理與信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡工程、電子信息工程、通信工程5個本科專業(yè)；信息管理與信息系統(tǒng)二級學科博士點；計算機科學與技術、軟件工程、信息與通信工程3個一級學科碩士點；計算機應用技術、計算機軟件與理論、計算機系統(tǒng)結構、信號與信息處理、通信與信息系統(tǒng)5個二級學術型碩士點；計算機技術、電子與通信工程、軟件工程3個專業(yè)型碩士點以及卓越工程師授予點。
學院主要科研方向：信息工程基本理論與方法, 高性能和智能海洋與航運信息技術，海洋通信與網(wǎng)絡技術，海洋探測信息技術，生物信息技術及其在航運和海洋學科方面的應用和水下機器人技術及應用等。先后承擔國家863計劃項目、國家自然科學基金項目、國防預研、交通部和上海市自然科學基金等重大課題以及企業(yè)委托的科研課題，獲得可喜的研究成果。
學院現(xiàn)有教職員工136名，其中專任教師105名，含博士學位獲得者81名、教授16名、副教授38名、高工1名?，F(xiàn)有本科生1780人，研究生314人。