中山大學建校之初即開展了海洋科學研究。早在1924年，費鴻年教授就開展了南海近岸漁業(yè)資源調查研究。1928年，中山大學農學院院長沈鵬飛擔任領隊，地質學教授朱庭祜先生主持，一行16人乘海瑞號軍艦前往西沙進行實地調查。這是中國歷史上首次有地質學家前往西沙進行科學考察。發(fā)表了西沙群島生物資源論文，隨后，西沙群島被國民政治列為中山大學海洋實習基地。
近幾十年來，以林浩然院士為首的水生生物學科在海洋養(yǎng)殖動物繁殖與生長、營養(yǎng)與飼料、病害控制與生態(tài)養(yǎng)殖等領域取得了矚目成績，科研成果成功實現(xiàn)產業(yè)化并已取得顯著的經濟效益。已故有機化學龍康候先生是中國海洋天然產物化學研究的開拓者與奠基人，曾作為特邀代表出席國際海洋天然產物Gorden會議作大會報告，其摘要刊登在《Science》上，獲得極高的評級。此外，中山大學也是全國最早開辟河口海岸過程與工程、海洋微生物活性天然產物和海洋生物功能基因等學科領域的單位之一，與國際發(fā)展基本同步，并已取得了一大批創(chuàng)新成果。中山大學一直重視海洋學科的發(fā)展，黃達人老校長提出“中山大學高舉海洋大旗”，并于2008年6月正式成立了海洋學院，2016年5月更名為海洋科學學院。