植物保護學科為一級學科，有農(nóng)業(yè)昆蟲與害蟲防治、植物病理和農(nóng)藥學三個二級學科。學科成立于2007年，是國家發(fā)改委“生物農(nóng)藥高效制備技術國家地方聯(lián)合工程實驗室”和浙江省“綠色農(nóng)藥”2011協(xié)同創(chuàng)新中心兩大科研平臺的支撐學科之一。學科現(xiàn)有教職工20人，其中教授3人，副教授9人，浙江省新世紀151人才第二層次1人，第三層次1人，浙江省科技特派員2人。特聘教授和青年拔尖人才各1人。

學科以服務浙江農(nóng)林業(yè)為目標，開展農(nóng)林病蟲害預警和治理、農(nóng)藥毒理、抗藥性、病蟲害檢疫、農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全、有害生物功能基因發(fā)掘和利用等方面的應用基礎及技術開發(fā)研究。目前主要集中于：①昆蟲毒理、抗性和昆蟲功能基因組，②農(nóng)林害蟲檢疫和綜合治理，③植物病害防控和殺菌劑抗性，④農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全分析等研究方向。近五年，學科共獲得省部級以上項目30項，各類橫向項目100余項，發(fā)表研究論文72篇，其中SCI收錄27篇，授權專利21項，出版專著教材6部，獲得浙江省科技進步獎1項，浙江省林業(yè)廳科技興林二等獎1項。

在人才培養(yǎng)方面，植物保護學科始終以提高培養(yǎng)質(zhì)量，服務基層為導向，開展本科和研究生培養(yǎng)，并為植物保護、園藝（觀賞園藝）、農(nóng)學（種子科學與工程）等專業(yè)提供相關支持。同時，學科也注重對學生科學技能培養(yǎng)，獲得浙江省大學生生命科學競賽獎2項，浙江省第八屆“挑戰(zhàn)杯”美麗家大學生創(chuàng)業(yè)計劃大獎1項，第四屆浙江省大學職業(yè)生涯規(guī)劃大賽二等獎、三等獎各1項，浙江省大學生高等數(shù)學競賽二等獎1項，指導學生發(fā)表研究論文10余篇。學科教師積極進行教學改革與教材編寫工作，目前獲得校級精品課程2門，出版面向二十一世紀教材2部，國家規(guī)劃教材2部，十二五規(guī)劃教材1部。

學科非常重視與地方企事業(yè)單位的交流合作，開展檢疫性有害生物、白蟻防治技術、植物病害等研究和教學培訓。在全國植檢干部、浙江省森檢干部、浙江省出入境檢驗檢疫局干部培訓班、全國白蟻防治中心等單位培訓人員3000多人次。扶持和引導農(nóng)藥企業(yè)走科學、規(guī)范的發(fā)展道路，為保護生態(tài)環(huán)境、綠化浙江作出了貢獻。采用網(wǎng)絡渠道和現(xiàn)代化方式為浙江農(nóng)業(yè)和林業(yè)病蟲防治部門、植物檢疫部門和農(nóng)戶提供及時和有效的技術咨詢。同時，學科依托浙江農(nóng)林大學農(nóng)產(chǎn)品安全檢測中心，積極開展農(nóng)產(chǎn)品安全生產(chǎn)指導以及農(nóng)產(chǎn)品檢測服務。

學科注重國際交流與合作，學科教師積極出國訪學、參加國際國內(nèi)學術會議。近五年，先后有5位教師出國進修訪問，同時也邀請包括美國北卡羅來納州立大學、加拿大大湖林業(yè)研究所、加拿大圭爾夫大學、中國農(nóng)科院、浙江大學等國內(nèi)外知名大學、研究所的教授來校進行學術交流。