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教學建設
2002年和2007年,學校先后兩次在教育部組織的本科教學工作水平評估中獲得“優(yōu)秀”成績;2010年12月,中醫(yī)學專業(yè)通過教育部試點認證;2016年,物理治療學(PT)和作業(yè)治療學(OT)兩個培養(yǎng)方向分別通過世界物理治療聯(lián)盟(WCPT)、世界作業(yè)治療聯(lián)盟(WFOT)的認證。
據(jù)2017年1月學校官網(wǎng)信息顯示,學校擁有3門國家級精品課程、4個國家級特色專業(yè)、1門國家級雙語教學示范課程、1個國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)、2門國家級精品視頻公開課、3門國家級精品資源共享課、1個國家級專業(yè)綜合改革試點、2項國家級卓越醫(yī)生(中醫(yī))教育培養(yǎng)計劃改革試點項目、5個省級實驗教學示范中心、1個國家級大學生校外實踐教育基地和92項國家級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練計劃項目;在近兩屆教學成果評選中獲國家級二等獎1項,省級特等獎3項、一等獎5項、二等獎9項。
國家級精品課程:康復護理學、中醫(yī)診斷學、中醫(yī)骨傷科學基礎 
國家級特色專業(yè):中醫(yī)學、針灸推拿學、護理學、中西醫(yī)臨床醫(yī)學
國家級雙語教學示范課程:經(jīng)絡俞血學
國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū):中醫(yī)師承人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)
國家級精品視頻公開課:中醫(yī)健康理念、經(jīng)絡養(yǎng)生一點通 
國家級精品資源共享課:康復護理學、中醫(yī)診斷學、中醫(yī)骨傷科學基礎
國家級專業(yè)綜合改革試點:中醫(yī)學 
國家級大學生校外實踐教育基地:福建中醫(yī)藥大學附屬人民醫(yī)院 
省級實驗教學示范中心:中藥學實驗教學中心、中西醫(yī)臨床技能實踐教學中心、中西醫(yī)結合基礎醫(yī)學實驗教學中心、中西醫(yī)護理技能實踐教學中心、康復實踐教學中心

學科建設
據(jù)2017年1月學校官網(wǎng)信息顯示,學校有2個博士學位授權一級學科,17個博士學位授權點,有6個碩士學位授權一級學科,46個碩士學位授權點,有4個碩士專業(yè)學位類別;有2個博士后科研流動站;有國家中醫(yī)藥管理局重點學科20個、福建省重點學科7個、福建省特色重點學科2個。
博士學位授權一級學科:中醫(yī)學、中西醫(yī)結合
碩士學位授權一級學科:中醫(yī)學、中西醫(yī)結合、臨床醫(yī)學、藥學、中藥學、護理學
碩士專業(yè)學位類別:中醫(yī)學、中藥學、藥學、護理學
博士后科研流動站:中醫(yī)學、中西醫(yī)結合
國家中醫(yī)藥管理局重點學科:傷寒學、中醫(yī)文獻學、方劑學、中醫(yī)診斷學、中醫(yī)脾胃病學、中醫(yī)骨傷科學、中醫(yī)康復學、中醫(yī)護理學、針灸學、中藥化學、中西醫(yī)結合臨床、內經(jīng)學、中醫(yī)急診學、中醫(yī)養(yǎng)生學、推拿學、中藥分析學、臨床中藥學、中西醫(yī)結合基礎、中醫(yī)心理學、中醫(yī)預防醫(yī)學
福建省重點學科:中西醫(yī)結合、護理學、康復醫(yī)學、臨床醫(yī)學、藥學、中藥學、中醫(yī)學
福建省特色重點學科:中西醫(yī)結合、臨床醫(yī)學(康復醫(yī)學方向)

福建中醫(yī)藥大學考研專業(yè)目錄:

中醫(yī)學院

針灸學院

藥學院

中西醫(yī)結合學院

護理學院

第一臨床醫(yī)學院

第二臨床醫(yī)學院

康復醫(yī)學院

中西醫(yī)結合研究院

人文與管理學院

思想政治理論課教學科研部

醫(yī)學長學制轉段

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